El término “despacho de aduana” ha dado lugar a malentendidos. De ese modo, siempre que se haga una referencia a una obligación del vendedor o del comprador de asumir obligaciones en relación con la transmisión de las mercancías a través de las aduanas del país de exportación o de importación, se deja claro que esa obligación no incluye sólo el pago de derechos y de otras cargas, sino también la ejecución y el pago de cualquier tema administrativo vinculado con el traspaso de las mercancías a través de las aduanas y de informar a las autoridades. Por otra parte, en algunos lugares -aunque muy equivocadamente- se ha considerado inapropiado el uso de términos que versan sobre la obligación de despachar las mercancías de aduanas cuando, como en el interior de la Unión Europea u otras áreas de libre comercio, ya no exista ninguna obligación de pagar aranceles ni existan restricciones relativas a la importación o exportación. A fin de aclarar la situación, las palabras “cuando sea aplicable” se han añadido a las cláusulas A2 y B2, A6 y B6 de los Incoterms relevantes para que sean usados sin ambigüedad cuando no se requieran procedimientos aduaneros.
Normalmente, es deseable que el despacho de aduana sea efectuado por la parte domiciliada en el país en que haya de tener lugar tal despacho o, por lo menos, por alguien que actúe allí en su nombre. Así, el exportador debe normalmente despachar las mercancías para la exportación, mientras que el importador debe despacharlas para la importación.
Los Incoterms 1990 se alejaban de ese principio en los términos comerciales EXW y FAS (deber de despacho para la exportación sobre el comprador) y DEQ (deber de despacho para la importación sobre el vendedor), pero en los Incoterms 2000, FAS y DEQ imponen la obligación de despacho de las mercancías para la exportación sobre el vendedor y el despacho de importación sobre el comprador, respectivamente, mientras que EXW -representante de la menor obligación para el vendedor- se ha dejado inalterado (deber de despacho para la exportación sobre el comprador). Conforme al DDP, el vendedor acuerda específicamente hacer lo que deriva del verdadero significado del término -Entregada Derechos Pagados-; en particular, despachar las mercancías para la importación y pagar cualquier derecho correspondiente.